Um Departamento é a menor fração da estrutura universitária, e é o órgão responsável pela elaboração e desenvolvimento dos programas de Ensino, Pesquisa e Extensão Universitária.
A direção de cada Departamento é exercida por um chefe eleito entre os membros do Conselho de Departamento, que é constituído por professores titulares, representantes das demais categorias docentes e representantes discentes.
A escola Politécnica da USP possui 15 departamentos:
CONSTRUÇÃO CIVIL (PCC)
COMPUTAÇÃO E SISTEMAS DIGITAIS (PCS)
ENERGIA E AUTOMAÇÃO ELÉTRICAS (PEA)
ESTRUTURAS GEOTÉCNICAS (PEF)
HIDRÁULICA E AMBIENTAL (PHA)
MECÂNICA (PME)
MECATRÔNICA E SISTEMAS MECÂNICOS (PMR)
MINAS E PETRÓLEO (PMI)
METALÚRGICA E DE MATERIAIS (PMT)
NAVAL E OCEÂNICA (PNV)
QUÍMICA (PQI)
PRODUÇÃO (PRO)
SISTEMAS ELETRÔNICOS (PSI)
TELECOMUNICAÇÕES E CONTROLE (PTC)
TRANSPORTES (PTR)
Lista dos departamentos da Escola Politécnica da USP